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灵梦「的确妖怪也是奇怪的访客。但前不久，来了个奇怪的人类啊」

魔理沙「人类的访客？那还真是希奇啊」

灵梦「那家伙发出了要神社停止营业的命令呢」

魔理沙「等等，你这个神社有在营业吗……」

博丽神社，除了提供神的住处以外，还担当着幻想乡中另一个不可或缺的职责。因此灵梦认为，不管再怎么失去信仰心，停止营业也是不可能发生的事情。那个不可或缺的职责，就是守护隔绝幻想乡和外面世界的境界……。

魔理沙「要神社停止营业啊，真是奇怪啦。说来要怎么处置停止营业后的神社？」

灵梦「要关门吧，那个，说要转让给住在山上的神」

魔理沙「嗯。双重的奇妙感啊」

灵梦「虽然不知道那时侯出现的人类是什么人……不过怎么想这也不是一般的神会说出口的事情吧」

魔理沙「是啊。不过我对那个人类也比较感兴趣就是……那你打算怎么办啊？

不会说当真要把神社转让给那个迷之神吧？」

灵梦「如果说山上那位神能够收集到比现在更多的信仰心的话，那倒是有可能啦。

能帮我把妖怪赶回去，最重要的是那样不就更像一个神社了吗？」

魔理沙「这样啊。就算是神社里的神变了，对于灵梦也没什么大影响是吗」

灵梦「不过呢。怎么想那件事都太可疑了。

想把之前的神赶走，自己趁机篡夺其位这种事情太可疑。那个人类也是，似乎拥有力量……但却是没见过的生面孔。绝对是什么妖怪，冒牌货或者邪神之类的！」

烦恼的结果，灵梦决定亲自上山去见那个所谓的神。有意避免入山的灵梦，终于认真开始考虑关于失去信仰心的神社的问题，下了一个很大的决心。这个时候，她还没想到接下来会有战斗在等待着她。

云上充满了光芒，远处能听见机械传来的声音，是天狗的工场醒来了吗？这里是集落中的人类所无法踏入的世界，树木建造的房屋，不合时令的蛙声，数不清的蛇蜕皮后的空壳。她就在那里，一直呆在这个地方，和一个人类一起。

角首先来到妖怪之山的山脚下，击败了红叶之神秋静叶。之后在烤红薯的香气里打倒了秋静叶的妹妹——丰饶之神秋穰子。随后主角继续进入山中，在树海里击退了试图将其赶走的键山雏。在山中的溪谷，主角偶然遇到了河童——河城荷取。荷取试图阻止主角继续进入，但是被击败。于是主角继续前行，来到九天瀑布，将负责守卫的白狼天狗犬走椛打败。之后受命前来劝阻的射命丸文与主角交涉失败，与主角发生战斗。被打败后，文告诉了主角山上那个刚搬来的神社的位置。来到新神社——守矢神社，主角见到了风祝——东方谷早苗。早苗被打败后，带领主角见到了山上的神明——八坂神奈子。八坂神奈子被击败后，与博丽神社达成了和解。最后灵梦在博丽神社里建了一个守矢神社分社。

东方绯想天：

自从巫女进山以来，已经过了快1年了。博丽神社的危机也避免了，没发生任何事，就这样和往常一样，炎热的夏天来了。但是，巫女却被这连续干旱的异常气象所烦恼。为何在这梅雨季节里，神社几乎连一场雨都没下。不止如此，雨不间断的森林，经常因为浓雾而看不到的洋馆，不存在于这季节的雪……异常气象到此为止，已经是非常严重的异变了。了解这异常气象实情的人，一个都没有。但是，如果仔细观察一下的话，谁都应该看得很清楚了吧。周围时常持续晴天，周围时常持续细雨，周围时常被浓雾所包围的人……对，这气象现象仅仅只是在个人的身边发生。各种各样的气象现象交织在一起的时候，就开始变成了真正的异常气象吧。当窥视到异常气象的原因时，异变解决战争开战的信号在大地响起：

——足以震塌神社的大地震。正因为这个地震，只有在神社的巫女才能感到，所以让她出山调查异变解决的理由已经很充分了。

冬天被白雪覆盖着的博丽神社。虽然神社一度因为地震而倒塌，但是现在已经基本恢复原貌了。有一天，突然发生了一件令博丽神社的巫女，博丽灵梦，大吃一惊的事。在博丽神社的附近，突然冒出了一股冲天的白柱，间歇泉。虽然平时碰上什么突发事件她都会去解决，但是这次的事却让她在惊奇之余更有一种惊喜。因为她觉得间歇泉一定会融化冰雪，并且喷涌出能缓解人类和妖怪疲劳的温泉。

魔理沙「……靠近间歇泉的话不会很危险吗？」

灵梦「毕竟是个招揽神社生意的好机会，就算来客会遇上点危险也没关系的。如果冒出温泉来的话村子里的人绝对回来参拜的。」

魔理沙「我看就算有人来也只是冲着温泉而已」

不过，事实却与灵梦所期望的有点不同。因为从间歇泉里喷涌出来不仅仅是温泉水而已。接二连三地跑出来的还有异样的东西。地灵——居住在地底的妖怪们。因为这个突发情况，灵梦她们也为如何处理这个间歇泉而烦恼着，最终她们决定还是把它当作温泉来对待。

而事实上，那些地灵确实都比较老实。虽说是地灵，但主要都是地缚灵变化而来的。灵梦认为，对于妖怪啊幽灵啊一直横行的幻想乡，就算现在多跑出来这些地灵也不会造成多大的影响。不过，巫女的判断却招来了妖怪们的不满。因为地灵的背后有着灵梦她们所不知道的秘密。住在红魔馆里的魔法使，帕秋莉·诺蕾姬察觉到了地下的妖怪和地灵涌现到地面上来这件事的危机。她曾经在书里看到过，地下沉睡着不输于地上的妖怪的强大力量。也知道地上的妖怪是不能轻易地去到地底之城的。但是，她的身边却没有什么能商讨这个问题的人。灵梦迟迟不行动让她心急如焚，于是她只好很不情愿地去找幻想乡中最古老的妖怪商量了。古老的妖怪——八云紫觉得地上的妖怪对于地底界的干涉应当尽量避免。

紫「地底界属于别的＜组织＞在管理着，所以我们不能采取太明目张胆的行动」

帕琪「如果人类再不采取行动的话那么就会被地底的家伙们占领先机啊，即使这样也没关系吗」

紫「说的也是……而且如果继续放任不管的话你们＜又＞采取什么鲁莽的行动那也不太好呢」

帕琪「又是指的什么……算了这个先不提，你打算行动了？好像你对地底的事也比较了解」

紫「不，我们不必行动。潜入地底的只有人类。因为……这次的事件可能是想要引诱我们出动的陷阱」

紫只答应了把灵梦她们送往地下，而妖怪们则在地上担任援助的工作。被封印的妖怪们，随着强烈的间歇泉的喷涌而觉醒了。大地的记忆一个接着一个地具体化，再过不多久幻想乡就会转回到古老历史的时代了吧。地底的妖怪们因为有着可怕的能力所以才会被囚禁在地底。这些妖怪重返地面，不管对人类还是妖怪来说都是不希望看到的事。静静地闪耀着光亮的雪。被美丽的色彩包围着的宫殿。她，就在那里。

主角开始进入地底世界，而与其搭档的妖怪则在地面上支援。首先来到了昏暗的幻想风穴，在这里主角先后击退了琪斯美和黑谷山女。之后主角继续前行，在洞窟的尽头，来到连接着地底的桥。打败了水桥帕露西，主角进入旧都。在旧都的街道上，与星熊勇仪展开比试。击败星熊勇仪后，主角根据她的提示来到地灵殿，期间击退了猫形态的火焰猫燐的袭扰。之后主角见到了地灵殿的主人古明地觉，并将她打败。觉指出间歇泉可能与她的宠物有关系，于是让主角从中庭进入更深的地下。在灼热地狱遗址里，主角打败了试探其实力的阿燐。阿燐指引主角进入地底都市最深处。在与造成了间歇泉产生的灵乌路空战斗并击败她后，主角明白了怨灵的出现其实是阿燐故意放出以引起地上人注意，而间歇泉已无法停止。不过主角对于附身在阿空体内的神灵感到不解，并对妖怪山上的两位神明产生了怀疑……

东方星莲船：

土地变得泥泞，曾被寒冰覆盖的大地上，万物开始复苏。覆盖着幻想乡的少量积雪，封住了在这个冬天苏醒的地灵们，也足以使妖精们的活动变得迟钝。这样安稳沉睡的季节也即将告一段落。博丽神社。远离人类村庄的边境之地上建起的神社。博丽神社的巫女博丽灵梦从居住在森林里的魔法使那儿听到了一个传闻。据说，有人目击到云的缝隙中有不可思议的船在空中飞行。那艘船在云间穿行着，似乎在寻找着什么。

魔理沙「……那船是七福神所乘坐的宝船，据说只要抓到它就能一辈子衣食无忧了耶。所以说它一直在躲避着欲望深重的人啊」

灵梦「那么蠢的传闻你也信啊？」住在森林的魔法使雾雨魔理沙皱起了眉头。

魔理沙「我怎么可能信啊？再说要是真的有这么艘船在天上飞，在这神社就能看得见才对」

灵梦「宝船啊——」

魔理沙「去年因为夏天气候异常农作物歉收嘛。因为人心不定才会有那样的传闻招摇过市。这就是所谓求神保佑，或者说是等别人来救吧」

灵梦「宝船啊——也就是说，藏着全世界的珍品和金银财宝」

魔理沙「对了。就是据说有七福神乘坐着的宝船。」

灵梦「宝船啊——」

魔理沙「唔……」

灵梦和魔理沙的对话中断了。枳句来巢，空穴来风。虽然不能确定到底有没有宝船，但是说不定是真的有人类看见了天上有什么东西在飞，才传出了这么个传言。两人都像是不愿让对方察觉自己的心思似的。一位从山上下来的访客，打破了这静寂。

早苗「啊，真奇怪。你怎么还在这里呀」

她是最近来到那座山的人类，东风谷早苗。

灵梦「你不常来这里呢。有什么事？」

早苗「虽说没什么大事啦……难道灵梦小姐没有看见天上有一艘船在飘浮吗？我还以为你已经行动起来了呢」

灵梦和魔理沙面面相觑。

灵梦「在空中飘浮的船？」

早苗「我有点事情想要找那艘船，正打算搜集一点信息……」

灵梦「诶？等等」

魔理沙「有船在天上飞，这事是真的？」

早苗「诶？你们不知道吗？你们瞧，明明那么明显的」

早苗以『你怎么才知道』的表情指向空中。灵梦与魔理沙跟着抬起头。在那儿，有一个前所未见的庞大黑影，快要消失在云中。蓝天被船影所遮掩，连云也仿佛变成了紫色。船中空空如也。曾在船中的金银财宝早已散佚，剩下的东西也散发着陈年霉臭。仅凭凛冽春风，仍不足以将那霉味吹散。但是，只有那位大人留下的宝物，即使变成碎片也不会失去威力吧。如果能将那碎片收集起来，说不定……

主角们首先遇到了正搜寻飞仓碎片和宝塔的纳兹琳，将她打败后又遇到了无所事事想要吓人的多多良小伞。小伞被打败后，主角再次看到船，于是继续向船进发。到了船上，认为主角是前来掠夺的云居一轮和云山向主角发起攻击。失败后，暂时逃掉了。之后再次登场的一轮从云山处听说主角正在收集飞仓碎片（UFO）。于是想要主角交出以使某人复活，但是被拒绝。被主角击败后，一轮以为主角想要亲自将那人复活，将主角引进船内。在圣辇船内，主角遇到了船长村纱水蜜。为了使船向魔界进发，村纱拖住了持有飞宝的主角。于是主角与船一进入了魔界。在魔界里，主角再次见到刚刚拿到宝塔的纳兹琳。打败她后，主角见到了毘沙门天的代理寅丸星。寅丸星被击败后，与主角一起解开了封印。在法界中，主角见到被解开封印的圣白莲。因为无法认同白莲对于人与妖怪平等的言论，与她发生战斗。后来，白莲向守矢神社寻求帮助，一同将船改造成命莲寺。

东方神灵庙：

博丽神社，座落于远离村子的边境之地。大地从皑皑白雪的冰封中复甦，幻想乡再度恢复她原本的美貌。樱花与神灵共同漫舞在怡人的春意之中。

灵梦「樱花好看是好看啦」

魔理沙「樱花好看不就好了吗」

在幻想乡里没有活著的生物会白白错过盛开的樱花之美。博丽灵梦和雾雨魔理沙，这两个活人也不例外。

灵梦「但是却有一股不好的预感呢」